西南大学研究生教育始于20世纪50年代，先期在昆虫学、土壤学、耕作学、生物化学招收研究生，是研究生教育雏形。1977年恢复高考，1978年重新招收研究生，30多年勤奋，学位与研究生教育突飞猛进。1981年第一批学位授权点审核，西南师范大学、西南农业大学经国务院批准成为首批硕士授权单位，分别获得植物学、农业昆虫与害虫防治、分子化学与分子生物学硕士点。1984年第二次学位点审核，获课程与教学论博士学位点，成为博士授权单位，继之，1986年，农业昆虫与害虫防治晋级为博士学位点。2000年第八轮学位点审核，园艺学、农业资源利用、农林经济管理荣登博士学位授权一级学科。研究生教育虽有一定发展，但年招生仍徘徊于200余人。 

跨入21世纪，研究生教育迎来发展机遇，学位点快速增长，学科齐备、层次增多、规模扩大。至今，已有21个博士授权一级学科，46个硕士授权一级学科，5个国家重点学科（含2个培育学科），1个国家重点实验室，1个国家工程中心。19个硕士专业学位点，1个博士专业学位点。年招收博士研究生320余人、硕士研究生6000余人（包括免费师范生在职攻读硕士学位2000余人），在校研究生达16000余人。桃李遍华夏，才俊布五洲。

为适应研究生教育人才培养需求，2011年10月，学校批准成立研究生院和研究生工作部，并于2012年9月28日正式揭牌，下设八个科级机构，在岗28人，负责招生、培养、思想政治教育、学生管理、学位授予、专业学位管理及学科建设。